اتفق الاتحاد الأوروبي لكرة القدم ونظيره الأميركي الجنوبي عام 1961على إقامة مباراة سنوية تجمع بطلي القارتين يكون الفائز بها بطلا للعالم على أن تكون ذهابا وإيابا وجمعت المواجهة الأولى ريال مدريد الإسباني وبينارول الأورغوياني وفاز بتلك النسخة الفريق الإسباني.
واستمرت هذه البطولة بهذا الشكل وتحت مسمى كأس إنتركونتينتال حتى العام 2004 ولم تتأثر بالنسخة الأولى لكأس العالم للأندية التي نظمها "فيفا" في البرازيل العام 200 وأقيمت مواجهة باتفاق الاتحادين القاريين آنذاك في اليابان التي تبنت البطولة برعاية تجارية وفاز بها بوكا جونيورز الأرجنتيني.
وتوقف كأس العالم للأندية لأسباب تسويقية تتعلق بالبطولة حتى العام 2005 ولم يتوقف كأس تويوتا إنتركونتيننتال حتى توصل الاتحاد الدولي لكرة القدم لاتفاق مع شركة تويوتا اليابانية برعاية البطولة ويأخذ كأس العالم للأندية مكان كأس انتركونتينتال، وكان ذلك بعودة البطولة في طوكيو التي شهدت مشاركة سبعة فرق تمثل قارات العالم.
وانطلق كأس العالم للأندية في البرازيل عام 2000 شارك به ثمانية أندية من بينها النصر السعودي والرجاء الرياضي المغربي بنظام المجموعات وفاز به كورينثيانز البرازيلي على مواطنه فاسكو دي غاما.
وكان مقرراً أن تقام النسخة الثانية في إسبانيا العام 2001 وكان سيشارك فيها اثنا عشر ناديا لكن البطولة ألغيت بسبب انهيار شريك فيفا التسويقي وتم تعويض المشاركين بمبلغ 750 ألف دولار.
عودة البطولة في ديسمبر 2005 وهو الشهر الذي حدده فيفا للبطولة شهدت تغييرا في نظام البطولة، بحيث يتأهل بطلا أوروبا وأميركا الجنوبية إلى نصف النهائي مباشرة فيما يلعب أبطال القارات الأخرى أدوارا قبل ذلك.
وفي العام 2009 قرر فيفا منح الدول فرصة استضافة كأس العالم للأندية وفازت الإمارات بنسختي 2009 و2010 ثم عادت إلى اليابان التي استضافتها عامين متتالين ثم المغرب لنسختين متعاقبتين واليابان مجددا وفي العام الحالي ستستضيفها أبوظبي مجددا بمشاركة سبعة أندية من بينها الجزيرة بصفته بطلا للدوري الإماراتي.